1. 審查費：每件100元，在送件申請時一次繳交。
2. 勘查費：每件200元，在送件申請時一次繳交。
3. 許可書費：每張50元，在核發許可書前一次繳交。
4. 使用費：依據種植地點、使用天數、使用面積分別計算，公式如下：
使用費＝年租額×代金單價×0.7×使用面積×使用天數÷365
第1次申請時，在核發許可書前繳交當年度的使用費，後續年度在10月底前繳交當年度的使用費。
5. 保證金：1年使用費的1.15倍（但最少500元），在核發許可書前一次繳交。
各項費用河川局都會寄發繳費聯單通知繳費。
(河川管理辦法第56條及中央管河川區域使用行為規費收費標準第6條)