近年由於地震及颱洪之作用，產生大量鬆散之砂石，對卑南溪輸砂特性及穩定性造成極大影響，河道泥砂沖淤問題已成為河道穩定與防洪安全之關鍵成因，因此第八河川局針對轄管卑南溪水系之淤積狀況及近年辦理疏濬前後成效加以分析評估，並檢討各項水理變化、防洪及跨河構造物安全等，並辦理河川疏濬作業，以達到防洪工程減災興利、河床穩定及平衡砂石供需之目標。
第八河川局於105-107年辦理「卑南溪日出段疏濬土石採售分離作業計畫」完成疏濬量約30萬立方公尺。本(108)年度亦已上網發包「108年度卑南溪德高段疏濬土石採售分離作業計畫」，預計疏濬34.3萬立方公尺，將於108年1月15日再次開標，預計於108年2月底開始取料並於5月底完成取料，本次疏濬足以供應台東地區之砂石需求，未來並將配合工程會規劃，提供東砂北運或南運之砂源且持續滾動檢討卑南溪河川沖淤變化情形，視河床淤積情況適時辦理疏濬作業。