本局自民國90年開始投入卑南溪揚塵防制工作，迄今仍持續推動揚塵相關工作，揚塵防制工作自101年以梯田式水覆蓋為主，自101年起覆蓋面積由140公頃至110年增加至636.55公頃，110年度機編稻草蓆鋪設面積8公頃，三仙膠噴灑面積2公頃。
為增進河川揚塵防制整體成效，河川區域內種植許可申請案，申請人需配合揚塵防制相關工作之執行(如佈設水帶等)在中央法規上；環保署亦修訂空氣污染相關法規，河川、工地及農作揚塵之訂定，在在顯示政府在揚塵防制工作上的重視。
跨機關偕同施作部分，林務局臺東林區管理處於卑南溪種植保育林及植被，種植面積由107年3.86公頃增加至110年16.37公頃，累計種植面積達46.29公頃，種植樹木約10萬棵以上。所增加之卑南溪綠帶，除有效攔阻高灘裸露地所造成之揚塵外，更兼具生態保育功能之提升，也顯示機關間之偕同合作之重要性。
臺東縣環境保護局以卑南溪水覆蓋工法防制揚塵為題，投稿「2021WHO西太平洋健康城市聯盟AFHC國際大會」獲得獲得「AFHC創新發展獎」，不以硬性工法，而以順應自然因地制宜的友善環境柔性作法更提高了臺東的在國際上的能見度。